Berita dugaan adanya penyelewengan dana Bantuan Operasional Pendidikan (BOP) Pesantren membuat Kementerian Agama (Kemenag) turut memberi tanggapan. PIhaknya menyatakan dengan tegas tidak akan bertoleransi jika ada oknum yang terbukti melakukan penyelewengan seperti yang dilaporkan oleh Indonesia Corruption Watch (ICW).